La storia, ambientata negli anni '50, racconta l'indimenticabile estate vissuta dalle sorelle Satsuki e Mei (la prima di 11 anni e la seconda di 4) , trasferitesi assieme al padre a Matsu no Gô, un piccolo villaggio di campagna circondato da foreste, campi coltivati, fiumi e molte risaie, lontanissimo dagli stereotipi del Giappone supertecnologico, per stare più vicine alla madre, ricoverata in ospedale per una malattia. La piccola Mei, dopo aver esplorato la casa e i dintorni, s'imbatte in una piccolo e curioso animaletto bianco con due buffe orecchie: seguendo le sue tracce, giunge ad un altissimo albero di canfora al cui interno vive Totoro, lo spirito dei boschi, una enorme creatura pelosa e morbida. Totoro si dimostrerà gentile con le due bambine e permetterà loro di ritrovarsi quando Mei, allontanatasi per portare un regalo alla madre, si perderà nel dedalo di stradine in mezzo al verde.